Program Pascasarjana STAIN Tulungagung dimaksudnya untuk menyiapkan peserta program yang memiliki kompetensi sebagai peneliti dan manajer pada lembaga-lembaga pendidikan, lembaga-lembaga sosial dan keagamaan. Program studi yang dikembangkan adalah Magister Agama dengan konsentrasi Program Studi Pendidikan Islam.
Kemajuan ilmu pengetahuan dan teknologi merupakan tantangan terbesar bagi negara-negara berkembang, termasuk Indonesia. Oleh karena itu pemberdayaan sumber daya manusia (human resource) menjadi proyek yang paling urgen. Penempatan sumber daya manusia yang paling strategis dan cepat adalah melalui lembaga pendidikan.
Berdasarkan SK, Direktur Jenderal Kelembagaan Agama Islam No. DJ.II/386/2004, Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) Tulungagung membuka Program Pascasarjana (S-2) Program Studi Pendidikan Islam dengan Konsentrasi Manajemen Pendidikan Islam, sebagai upaya untuk membentuk sarjana-sarjana yang berkapasitas sebagai pemikir, peneliti, pengkritik, penggali dan pengembang ilmu pendidikan Islam.
Di tengah maraknya pertumbuhan ekonomi islam seperti Bank Muamalat Indonesia, Bank Perkreditan Rakyat Syariah, BRI Syariah, BNI Syariah dan sebagainya, muncul persoalan apakah sumber daya manusia memadai secara kuantitatif maupun kualitatif yang memiliki secara khusus pemahaman dan kemampuan tentang prinsip-prinsip syariah yang menjadi pondasi bagi perjalanan ekonomi syariah. Oleh karena itu, pada Tahun 2010 STAIN Tulungagung berdasarkan SK Direktur Jenderal Pendidikan Islam Kementerian Agama RI No. DJ.I/612/2009 membuka program Pascasarjana (S-2) Program Studi Hukum Ekonomi Syariah.