Gambaran umum unit kerja dan fakultas UIN Sayyid Ali Rahmatullah Tulungagung telah termaktub dalam Peraturan Menteri Agama Nomor 24 Tahun 2021 Tentang Organisasi dan Tata Kerja Universitas Islam Negeri Sayyid Ali Rahmatullah Tulungagung.
Rektor mempunyai tugas memimpin dan mengelola penyelenggaraan pendidikan tinggi sebagaimana dimaksud dalam Pasal 2 dan Pasal 3 berdasarkan kebijakan yang ditetapkan oleh Menteri Agama.
Wakil Rektor Bidang Akademik dan Kelembagaan mempunyai tugas membantu Rektor dalam bidang akademik dan kelembagaan.
Wakil Rektor Bidang Administrasi Umum, Perencanaan, dan Keuangan mempunyai tugas membantu Rektor dalam bidang administrasi umum, perencanaan, dan keuangan.
Wakil Rektor Bidang Kemahasiswaan, Alumni, dan Kerja Sama mempunyai tugas membantu Rektor dalam bidang kemahasiswaan, alumni, dan kerja sama.
Fakultas merupakan unsur pelaksana akademik universitas yang mempunyai tugas menyelenggarakan pendidikan akademik, vokasi dan/atau profesi dalam satu (1) rumpun disiplin ilmu pengetahuan, teknologi, dan/atau seni. Organisasi Fakultas terdiri atas: Dekan, Wakil Dekan, Jurusan, Laboratorium, dan Bagian Tata Usaha. Fakultas pada UIN Walisongo terdiri dari Fakultas:
a. Syari’ah dan Hukum;
b. Tarbiyah dan Ilmu Keguruan;
c. Ushluddin Adab dan Dakwah;
d. Ekonomi dan Bisnis Islam;
Pascasarjana merupakan unsur pelaksana akademik universitas yang mempunyai tugas menyelenggarakan pendidikan program Magister, program Doktor, dan/atau program Spesialis dalam multidisiplin ilmu pengetahuan, teknologi, dan seni. Organisasi Pascasarjana terdiri atas: Direktur, Wakil Direktur, Ketua Program Studi, Sekretaris Program Studi, dan Subbagian Tata Usaha.
Biro Administrasi Umum, Perencanaan, dan Keuangan (AUPK) mempunyai tugas melaksanakan penataan organisasi, administrasi keuangan, peraturan perundang-undangan, ketatausahaan, dan kerumahtanggaan. Kepala Biro berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Rektor dan melakukan koordinasi dengan Wakil Rektor terkait. Biro AUPK terdiri dari Bagian Umum dan Layanan Akademik dan beberapa kelompok jabatan fungsional.
Adapun Bagian Umum dan Layanan Akademik terdiri atas Sub Bagian Rumah Tangga dan Sub Bagian Layanan Akademik, serta beberapa kelompok jabatan fungsional lainnya.
Lembaga Penjaminan Mutu (LPM) mempunyai tugas mengkoordinasikan, mengendalikan, mengaudit, memantau, menilai, dan mengembangkan mutu penyelenggaraan kegiatan akademik. Ketua LPM berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Rektor. LPM terdiri atas: Ketua, Sekretaris, Pusat, dan Kelompok Jabatan Fungsional.
Lembaga Penelitian dan Pengabdian Kepada Masyarakat (LP2M) mempunyai tugas mengkoordinasikan, mengendalikan, memantau, dan menilai kegiatan penelitian dan pengabdian kepada masyarakat. LP2M terdiri atas: Ketua, Sekretaris, Pusat, dan Kelompok Jabatan Fungsional.
Unit Pelaksana Teknis (UPT) merupakan bagian unsur penting dalam penyelenggaraan pendidikan pada Universitas. UPT dipimpin oleh seorang Kepala yang bertanggjung jawab kepada Wakil Rektor bidang terkait. UPT di UIN Sayyid Ali Rahmatullah Tulungagung terdiri atas:
a. Perpustakaan;
b. Pusat Teknologi Informasi dan Pangkalan Data;
c. Pusat Pengembangan Bahasa;
d. Pusat Layanan Internasional (International Office);
e. Ma’had al Jami’ah; dan
f. Laboratorium Terpadu.
g. Pusat Pengembangan Bisnis
h. Pusat Pengembangan Karir (Career Center)
